Struktur organisasi Balai Taman Nasional Bogani Nani Wartabone terdiri dari:

Kepala Balai

Sub Bagian Tata Usaha

• Urusan Kepegawaian
• Urusan Umum
• Urusan BMN, Persediaan & Perlengkapan
• Urusan Keuangan,Verifikator & Perencanaan
• Urusan Perlindungan, Pengawetan & Perpetaan
• Urusan Pemanfaatan,Pelayanan & Kerjasama

SPTN Wilayah I Limboto

• Resort Bone
• Resort Bone Bolango
• Resort Tulabolo Pinogu
• Resort Bone Pantai

SPTN Wilayah II Doloduo

• Resort Dumoga Timur Lolayan
• Resort Dumoga Utara
• Resort Dumoga Barat
• Resort Pantai Selatan

SPTN Wilayah III Maelang

• Resort Lolanan Boroko
• Resort Pinogaluman